北京蛋白质组研究中心功能蛋白质组研究技术平台位于环境优美的中关村生命科学园内，是蛋白质组学国家重点实验室及国际人类肝脏蛋白质组计划 （HLPP）表达谱和修饰谱项目的实施平台之一，相继在蛋白质组学方面承担了一系列国家973、863、自然科学基金及北京市重大项目等课题。
技术平台可承接单项的蛋白质组学技术服务, 同时平台也开展规模化、高通量的蛋白质组学委托科研服务。
技术服务项目
蛋白质组样本制备;

定量蛋白质组
1）同位素标记相对和绝对定量技术（iTRAQ）;
2）稳定同位素标记技术（SILAC）;

3）蛋白质绝对定量（MRM技术）;

4）差异荧光凝胶电泳（DIGE）;
5）细胞表面蛋白选择性标记技术;
6）普通双向电泳;
7）数据库查询与结果分析;
8）图像分析;

质谱鉴定
胶内酶切;
蛋白质鉴定;

蛋白质复合体分离与鉴定

1）蓝色温和胶电泳系统分离蛋白质复合体及鉴定;

2）免疫沉淀-质谱鉴定技术（IP-MS）分离蛋白质复合体及鉴定;

磷酸化蛋白质检测;

免疫检测
1）免疫印迹;
2）免疫组化;
3）免疫荧光;

流式细胞仪高速分选和多色分析技术;

蛋白质液相芯片技术服务（生物标志物检测）;

样品制备技术
1．蛋白质提取及定量;

2．亚细胞器提取及纯度评价（质膜、线粒体、内质网、细胞核、胞浆）;

3．Beckman公司Optima™L-80 XP超速离心机;

4．Beckman公司Avanti™J-25高速离心机;

5. BD公司FACSAriaⅢ型流式细胞分选仪;

样本检测技术
1.BD公司FACSAriaⅢ型流式细胞分选仪

分选速度达70,000细胞/秒，分析速度达100,000细胞/秒,可实现7色以上多荧光参数分析, 可同时完成四路分选，分选纯度：〉98%， CV值〈3%。石英杯流动检测池荧光检测灵敏度极佳，〈125 MESF。
2.蛋白质液相芯片技术

在20世纪90年代后期发展起来的被喻为后基因组时代的芯片技术。液相芯片技术将流式检测技术与芯片技术有机地结合在一起，一方面大大延伸了流式检测平台，以微球体代替细胞作为反应载体，这个相当开放的反应体系可进行蛋白、核酸等等生物大分子的检测，不仅从细胞水平深入到分子水平，其检测范围也得到了前所未有的扩展；另一方面也使芯片技术取得重大的突破：在保持高通量检测的同时，将反应体系由液相－固相反应改变为接近生物系统内部环境的完全液相反应体系，对于确保建立在正确的高级结构之上的真实的蛋白质相互作用尤为关键。迄今为止不到十年的时间，全球已有数百套基于此项技术（xMAP：flexibleMulti-Analyte Profiling）的检测平台，用于蛋白质，免疫学等等领域的研究，临床诊断试剂的开发方面也发展迅速，自身免疫鉴别诊断试剂等已通过了FDA认证。
默克密理博与路明克斯2010年最新推出的新一代磁珠多重检测系统MAGPIX，主机采用了革命性的光学系统及流路系统，使得新的MAGPIX结构上更加紧凑，在光路设计上采用了全新的LED激发光源及高分辨率的CCD成像技术，配合功能强大的xPONENT软件，完全可以实现单个样品多达50种分析物的多重检测，默克密理博为MAGPIX产品专门推出了可在MAGPIX上应用的多达25种的Milliplex试剂盒，涵盖了代谢疾病、炎症、心血管系统疾病、神经科学、信号转导、肿瘤标志物等多个方面。

电泳及电转系统
1. BIO-RAD公司PROTEAN IEF Cell等电聚焦仪;

2. BIO-RAD公司PROTEAN II xi Cell电泳槽;

3．BIO-RAD公司Mini-PROTEAN 3 Electrophoresis Module/Mini Trans-Blot Module;

4．Amersham pharmcia Biotech公司IPGphor等电聚焦仪;

5．Amersham pharmcia Biotech公司Ettan DALT II System;

6．Amersham pharmcia Biotech公司Hoefet miniVE electrophoresis andelectrotransfer Unit;

7.图像分析软件BIO-RAD公司PDQuest™2-D analysis software version:7.11;

8.图像分析软件Amersham pharmcia Biotech公司Image Master™2version:5.0;

9．自动切胶酶解系统为BIO-RAD公司Spot Cutter；WATERS公司MassPrep;

10．Amersham pharmcia Biotech公司Spot Handling Workstation;

蛋白质组学中的核心质谱技术

Thermo Scientific Q Exactive 质谱仪台式LC-MS/MS：将高性能四极杆的母离子选择性与高分辨的准确质量数（HR/AM）Orbitrap检测技术相结合，提供优异性能和出色多功能性。

分辨率高达140,000

§ 最大扫描速率12Hz

§ 扫描间动态范围> 5000:1

§ 四极杆质量数过滤器

§ 多重检测能力提高单个周期的分析效率

§ S-Lens离子源，提供更佳灵敏度

Q Exactive质谱仪具有快速扫描和多重检测能力，是一种可提供快速色谱分离技术的优秀检测器。其MS/MS数据的超凡品质提供更加可靠的化合物定性和定量检测。

Q Exactive LC-MS/MS系统不仅具有大范围的筛选能力，而且尤为擅长目标定量实验，使任何实验室都能充分利用其多功能性。快速交替的正负极扫描模式支持最复杂的分析方法，在筛选实验中节约时间。

这个台式系统特别适合于药物代谢组学、蛋白质组学、环境分析、食品安全、毒物学以及临床研究应用。

TripleTOF™ 5600 质谱仪

美国AB SCIEX公司TripleTOF™ 5600LC/MS/MS高分辨质谱系统：是世界上第一台具有准确质量数和高分辨进行同时定量和定性分析的LC/MS/MS系统，该系统具有快速扫描速度和串联四极杆质谱系统的定量灵敏度能力，集质谱系统的高分辨、准确质量数稳定性、高灵敏度和高速度扫描特点于一个质谱平台，具有以下技术特点：

•灵敏度高：达到高端QQQ的MRM的定量灵敏度

•高分辨：即便在低质量端也达到30,000的分辨率

•高质量准确度：外标1 ppm

• 超快的分析速度：扫描速度每秒100张MS或MS/MS谱图，是其它高分辨质谱的5-10倍，达到了三重四级杆MRM的扫描速度

•定量线性范围宽：超过4个数量级

•外标校正，24小时内EasyMass™质量误差小于1ppm

ThermoTSQ Vantage LC-MS/MS

赛默飞世尔科技最新的TSQ Vantage三重四极杆质谱, 拥有最高的灵敏度和最低的噪音, 应对小分子, 多肽, 生物相似物,和生物制品的定量分析,

主要特点：

· 即使是极低的定量水平，也能提供准确、一致和可重复的结果

· 耐用的新型离子源、第二代（G2）离子光学系统和双曲面四级杆

· 比同类型产品的信噪比提高了10倍

· 定时选择性反应监测（T-SRMs）